En octobre 1626, une vingtaine de princes et ambassadeurs scandinaves et allemands en mission diplomatique à Paris célèbrent une Sainte-Cène sous la présidence du pasteur suédois Jonas Hambraeus, dans une de leurs ambassades. En 1635, le savant Hugo Grotius est nommé ambassadeur de Suède à Paris. Il installe une chapelle dans un salon de l'ambassade, 7 quai Malaquais, puis à l'hôtel de Cavoye, 52 rue des Saints-Pères. Il engage le pasteur Jonas Hambraeus, qui officie jusqu'en en 1660, quand lui succède un autre pasteur.
En 1679, face aux persécutions de la monarchie absolue envers les protestants français - les dragonnades - le légat Nils Bielke étend l'extraterritorialité de l'ambassade à la chapelle. Ce statut assure la célébration d'un culte protestant dans l'enceinte de Paris, alors que cela est interdit aux Français par l'édit de Nantes de 1598. À cette époque, les Parisiens se rendent au temple de Charenton, au sud-est de la capitale.
Après l'édit de Fontainebleau de 1685, qui révoque l'édit de Nantes, la paroisse suédoise accueille des baptêmes de protestants français, comme d'autres chapelles d’ambassades des pays protestants : Hollande, Brandebourg, Angleterre et Danemark.
Des registres sont tenus pendant tout l'Ancien Régime, malgré l'interdiction et les persécutions.
Dans le même temps, des réfugiés protestants français, appelés Huguenots, sont accueillis à l'Église réformée française de Stockholm. La liberté de culte, de conscience et d'expression n'est établie qu'en 1789, à la Révolution française, avec l'installation d'un temple protestant français à l'église Saint-Louis-du-Louvre, qui déménagera en 1811 à l'Oratoire du Louvre.
